萌芽组织就像是一台机器，而萌芽首领，则类似于这台机器的芯片，当芯片发出指令后，这台机器便会按照指令高速运转起来。
在萌芽首领发布准备战争的命令后，各个方面都有条不紊地进行。
时间，很快来到战争前的最后一天。
当天，萌芽首领面向全军，设立赏罚制度。
比较重要的内容为：
每在战场上击杀一名敌方士兵，获得1军功，可获得100海蓝币的奖励。
击杀敌方士兵数量达5人，额外授予三等战斗功勋，将在海蓝星新政权建立后，享有津贴，承袭三代。
击杀敌方士兵数量达10人，额外授予二等战斗功勋，津贴世袭。
击杀敌方士兵数量达50人，额外授予一等战斗功勋，其后代将享有联邦多项优惠政策。
击杀敌方士兵数量达100人，额外授予特等战斗功勋，其将后代享有英雄家属的待遇，这意味着其后代生来便拥有较高的社会地位，可以融入任何圈子，为他人所尊重，带来的便利是不可限量的。
除此之外，萌芽首领还动员组织内文职人员花费二十天时间制定了详细的军功机制，不只杀敌，进行后勤等工作同样可以获得军功，而击毁敌方飞机、坦克、舰艇，则会获得更加高额的军功。
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