司马德宗死后，解决了昌明一世的问题，为了应谶，刘裕又立司马德文为帝。司马德文也明白自己的处境，即位之初，就马上将刘裕从宋公晋升为宋王。
刘裕在宋国国都与朝臣喝酒时说：“桓玄篡位时，是我第一个举义，才复兴了皇室，后来南征北战，平定海内，才得到九锡的殊荣。现在我老了，突然感觉获得礼遇太高，长远看来其实不是什么好事。大家说说，我是不是应该把爵位奉还给皇帝，然后告老回乡更好些呢？”
大家正在忙着喝酒，有的不假思索地说：“说宋王一生劳苦功高，功德圆满，名至实归，无人可比，何必如此多虑呢？”有的信以为真想怎么和刘裕送别，有的在想刘裕走后出现的权力真空该如何填补。
散席后，一直负责起草文书的傅亮回味刚才刘裕的感叹，又返回去对刘裕，说：“臣愿为宋王分忧，请允许我回京去见皇帝陈述原委。”刘裕觉得傅亮理解自己的苦衷就点头默许了。
司马德宗一死，司马德文就知道这一天迟早会到来，他淡淡地对傅亮说：“自从恒玄作乱那天起，晋朝已经名存实亡。全凭仰仗刘公力挽狂澜，我们王室又延续了二十多年。今日禅让，是顺其自然，我心甘情愿！“说完，司马德文亲手抄写了禅让诏书，宣布禅位于刘裕。
刘裕把司马德文降格为零陵王，把宫殿移到秣陵县，派冠军将军刘遵考带兵防卫。刘裕对司马德文能识时务很满意，他给晋恭帝重新修建新居，并且保持原来的待遇不变。
而傅亮因为周旋禅让一事有功，当上了中书令，专掌诏命。由于位高权重，每天排队等候求见的人络绎不绝。
刘裕当了宋王，和自己关系密切的人也相应得到了提拔：刘道怜被封为太尉、长沙王，刘道规追封为临川王，王镇恶封为龙阳县候，刘穆之追封为南康郡公。立刘义真为庐陵王，刘义隆为宜都王，刘义康为彭城王。
刘裕日理万机闲暇之余非常想念刘穆之，他黯然神伤道：“穆之要是没有死，一定能帮助我治理天下。真是一个人死了，国家也有危机了。穆之死后，别人有点轻视我了。”
司马八王之乱的前车之鉴，刘裕登基后削弱强藩，集权于中央。荆州屡为祸乱之源，刘裕就消减其辖区，限制其武将文官的数量。为了防止权臣乱政，他把军权收归中央，有战事大臣才可以临时指挥。
刘裕还下令整顿户籍，严禁世族隐匿户囗。规定政府需要物资要用钱购买，不能随便强征。适当降低农民租税，废除苛繁法令，让百姓在宽松的环境中休养生息，发展生产。而刘裕自己平时保持生活节俭习惯，不喜奢侈。彻底改变了晋国皇室的奢靡之风。
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