堀悌吉在自己职权范围内做了两项调整：第一，尽可能把最优秀的飞行员全部集中到舰载队伍中，甚至不惜弱化6基，像坂井三郎等优秀6基飞行员都在其征召下成为舰载机飞行员，而空出来的6基就让6航填补；第二，派遣一部分优秀飞行员去后备训练队且一直固定培养新人，而6基则让新人去练手，等于将6基完全视为舰载飞行员的后备培养队。
经过调整，任何一个日本海航飞行员都遵循训练队—6基队—舰载队这样的晋升体系，用削弱6基队伍这种办法保证舰载机飞行员水平。
至于第三项调整，是堀悌吉从欧洲回来后一直呼吁但未见成效的：打破僵硬的军官晋升体制，不但准备让不是海兵毕业的航校毕业生当军官，还希望明确不是只有舰队或参谋岗位才能晋升高级军衔。这两条都遭到了伏见宫博恭王的坚决反对，在其看来这是在挖舰队派的墙角，他顽固坚持一个观点非海兵毕业不得为军官，非舰队指挥或机关（参谋）岗位不得为将官。
这种顽固作风最终在虎式履带下被碾得粉碎：堀悌吉主张军功第一，不但让航校毕业生当上军官，还开始在飞行队提拔将官，在冢原率队出征前，渊田美津雄以机动部队总队长身份破格晋升少将（52期少将第一人），晋升度甚至过同期且战功同样不小的源田实（当然源田实也得到了暗示，只要这次战役成功，他也能在明年春天升将官），除渊田美津雄担任将官外，一批飞行队长晋升军衔，江草隆繁、村田重治等资深中佐全部晋升大佐，距将官只有一步之遥。
在舰载飞行队里，堀悌吉又想方设法搞了第二指挥梯队（或称后备梯队），即在总队长之下设舰战、舰攻、舰爆、舰侦（含水侦）4大飞行队，然后再分设飞行分队，同时又打破飞行分队对航母的隶属关系，飞行员只属于飞行队，而飞行队只属于航空战队，所有飞行员应该熟悉每一艘航母以便起降，万一在作战中因为原驻防航母沉没也不至于在出击归来后茫然不知所措。
像岛崎重和是珍珠港战役中的第二攻击波指挥官，这次就以大佐军衔被任命为副总队长（渊田的后备），诸如江草隆繁主管的舰爆、村田重治主管的舰攻等都有后备指挥官。因此这次佯攻出击都由后备指挥，唯一例外是舰战，表面上资历更老的板谷茂（海兵58期席）是队长，赤松贞明是其后备，应该由后者去。但实际上由于板谷茂在南太平洋海战前就待在国内，是少数几个没旅欧的飞行队长，现在新的作战经验和带队娴熟程度还不如赤松贞明，因此舰战分队由其率领，其余由赤松贞明带领负责舰队直掩。
佯攻巴拿马是冢原定下的策略，不但有前后呼应、混淆美军视线的作用，同时也有实弹练兵的意义。6月份机动舰队重组后，主力部队分到了三分之一的新手（只进行了训练，连一次实际战役也没参加过），考虑到中途岛之战、圣诞岛之战的压力都不大，冢原决心让一部分老鸟带这批新手去巴拿马探探情况，特别是要实地飞一把夜袭训练和实战毕竟不可同日而语。
按渊田美津雄的安排，这次出动的舰攻、舰爆都不携带攻击武器，只带够副油箱和自卫火力子弹，整体以18o架左右的大编队突进，先进行夜航实战，然后进行低空掠海实战，最后在逗一逗美军后就返航。
这种奢侈的实战演练如果放在以往的联合舰队是要被人破口大骂败家子的，但现在冢原想得很通，反正燃油都是德国供应不要钱，不烧白不烧，这么好的训练机会到哪里去找。
凌晨1时许，在距离巴拿马大约7oo公里的地方，所有参与实战的训练群起飞，浩浩荡荡向巴拿马飞去。
新手们虽然最初手忙脚乱，但最后也适应了节奏和气氛，更挥出了水平，一个个跟着前导机将飞机高度降低到离海面不过多米高的地方，副油箱就被他们看做是鱼雷和炸弹了。
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