黎就职当天颁下三令
第一令云“元洪于本月七日就大总统任，自维德薄，良用兢兢。惟有遵守法律，巩固共和，造成法治之国。官吏士庶，尚其共体兹意，协力同心，匡所不逮，有厚望焉！”
第二令云“现在时局颠危，本大总统骤膺重任，凡百政务，端资佐理，所有京外文武官吏，应仍旧供职，共济时艰，勿得稍存诿卸。此令！”
第三令云“民国肇兴，由于辛亥之役，前大总统赞成共和，奠定大局，苦心擘划，昕夕勤劳，天不假年，遘疾长逝。追怀首绩，薄海同悲。本大总统患难周旋，尤深痛怆。所有丧葬典礼，应由国务院转饬办理人员参酌中外典章，详加拟议，务极优隆，用副国家崇德报功之至意！”
黎元洪虽然做了总统，可是他自己没有实力。当时的中国，最有实力当属北洋系，其次要属国民党，而黎既非北洋系，又不属国民党。
在北洋诸帅看来，黎不值得他们的拥戴；在国民党人看来，黎在二次革命后投靠袁以自保，不是真正革命党人。
可是黎元洪也有他的独特优势，因为他不属于任何一方，又是现任副总统，反而能被各方所接受。
但是，未必有人真的拿他这个总统当回事，所以黎元洪的处境是尴尬又艰难。
黎元洪就职后，国人便对《约法》的执行引起争议。《约法》有两个，执行哪一个？是新《约法》呢？还是旧《约法》？旧《约法》是民国元年的，新《约法》是民国三年的。
西南军务院抚军长唐继尧于六月十日通电提出
（一）请黎大总统即日宣言恢复民国元年公布之《临时约法》；
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