九月一日，非常国会根据“组织大纲”选举大元帅，孙中山在九十一票中以八十四票当选。次日补选元帅二人，陆荣廷以七十六票，唐继尧以九十三票当选。
九月十日军政府宣告成立，孙中山就大元帅职。非常国会并选出唐绍仪为财政总长、伍廷芳为外交总长、孙洪伊为内务总长、张开儒为陆军总长、胡汉民为交通总长。
孙中山以大元帅名义任命李烈钧为参谋总长、林葆怿为海军总司令、方声涛为卫戍总司令、李福林为亲军总司令、章炳麟为秘书长、许崇智为参军长、李耀汉为筹饷总办。
护法政府并未得到西南军人的支持，云南唐继尧不理不睬，而桂系陆荣廷更为冷淡。
非常国会选出唐继尧为元帅后，九月八日唐来电不受元帅。不久孙中山又发表唐继尧为川、滇、黔三省靖总司令，唐态度仍不合作，甚至滇军师长张开儒被护法政府派为陆军总长，也不就职。
在非常国会选出陆荣廷为元帅的当天，陆致电非常国会表示自己的政见。反对另组政府，主张黎元洪总统复职，同时通电全国声明“以后广东发生任何问题，概不负责”。
非常国会对陆这个态度未敢谴责，而是提前到九月三日后补一项决定，迎接黎元洪南来继续执行职权，孙中山也通电表示迎黎的态度。
桂系的广东督军陈炳焜则表示另一种态度，他于九月八日招待广州报界，表明了自己的立场。
言道“冯代总统的地位是合法的，段内阁的地位是非法的，所以我们反段不反冯。”
有记者问道“陈督军对在广州组织军政府问题，持何态度？”
他说“我不能表示赞成的态度，也不愿采取干涉的态度，但是广东人民不能担负军政府和非常国会的经费开支。”
陈炳焜（—），字舜琴，广西马平县阳和村（今柳州市阳和开发区）人。
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