在《中国伦理学史》一书中，蔡元培指出了自汉以来，历二千年中国文化发展缓慢的原因，预言中国的伦理思想必然向着追求人类自由的方向发展，显示出作者的新型史观和民主意识。
中国伦理学有数千年的历史，资料之丰富为世所罕见。但是，这些思想资料与其他各学科往往纠缠在一起，难以区别开来。
蔡元培认为，史书所载的各种儒林传、道学传，以及学术史的专著，如：《宋元学案》《明儒学案》等，只能算哲学史而不是伦理学史。
他在他的《中国伦理学史》中，将主要思想家的哲学思想作为他们伦理思想的前提，细心剔抉出他们关于道德规范、道德范畴、道德修养等方面的理论，理出伦理思想，而且将其系统化，努力找出它们之间的来龙去脉，从发展变化上掌握他们。
该书体现了蔡元培反对封建的文化主义，在学术上主张民主自由兼容并包的特点。
他在绪论中指出：“各家学说，与作者主义有违合之点，虽可参以评判，而不可以意取去湮没其真相。”
在叙述各伦理学派时，蔡元培的态度是客观的，不仅实事求是地介绍了他们的具体内容，而且评判公允。
例如对以孔子为代表的儒家，一方面认为它足以代表“吾民族根本理想，但又提出其哲学之闳深，不及道家；法理之精核，不及法家；人类平等之观念不及墨家。又其所谓折衷主义者，不以至精之名学为基本，时不免有依违背施之迹”。
对于儒家一向贬斥的王充、王安石，作者称赞说：“不阿所好之精神，有可取者，有卓识。”
对理学的集大成者朱熹，作者既肯定他的研究之勤，著述之富，对综合儒家思想有功绩，也批评他独断、保守，尤便于有权势者之所利用。
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