大会由中国公学第一任总教习马君武主持，他在致词中说：“一九○六年胡先生考进中公时，我就认定已替中公取了一位好学生；不但成绩好，品行好，风采也很好。果然，二十年后的今天，这位当年的好学生已经成为国际著名的学者了。现在由他回到母校来做校长，是我们中国公学最光荣的事，也是我感到生平最高兴的事。”
胡适也发表了就职致辞，他回顾了中国公学创办的历史，并特别发挥中国公学“公”字的意义，以此作为品格教育的最高目标。
就职典礼后，胡适仔细考察了中国公学的情况。看到的情况实在是困难重重，此时已经没有退堂鼓可打，胡适越发感到了自己肩上责任的重大。
他在当天的日记中写道：“与但怒刚同到中国公学。虽然受了很热烈的欢迎，但我细看校中情况，很难有办法。最难的是经济方面，熊、但诸君虽任此事，然他们都不是很有手腕的财政家，况在这各方面都穷困的时期呢?”
5月3日，胡适到中国公学办公，发现学校连一本校规都没有，于是决定从组织和法律方面入手，整顿学校。
5月5日，胡适到校召集校务会议，通过了三个议案：1校务会议组织大纲；2教务会议组织大纲；3学校章程起草委员会。
此外，由于之前中国公学校董名额随时增加，没有定额，导致分散在各省的校董总计不下百人，胡适认为这样的后果是“召集既甚困难，组织又不合现行制度”。因此改组校董会也成为当务之急。
在胡适的建议下，中国公学校董会于6月10日在上海开会。会议根据大学院颁布的私立学校校董会规程，通过了校董会章程，决定校董名额为15人，每两年改选三分之一的校董。接着由校董会投票选举蔡元培、于右任、熊克武、胡适、杨铨、王云五、但懋辛、马君武、丁觳音等15人为新校董。校董会还通过了中国公学组织大纲13条。
胡适当初答应接任中国公学校长，主要是为了解决中国公学的风潮，原定任期只维持两个月。因此，会议当天胡适向校董会提出辞职，但未能获准。中国公学的组织大纲中有设副校长的规定，就是为胡适继续担任校长准备的。
当天的会议通过决议，聘请高践四或杨亮功为副校长。高践四，早年留学康奈尔大学，归国后曾任中国公学教授。杨亮功，安徽巢县人，早年毕业于北京大学中文系，后留学美国，先后获斯坦福大学教育硕士，纽约大学教育学院哲学博士学位。
6月17日，胡适与杨亮功商谈，劝他做中国公学的副校长，杨亮功最后答应了。
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