402年桓玄篡位，皇族人人自危，司马休之携带子侄奔投南燕避难。
两年后，刘敬宣、高雅之、司马休之准备谋杀收留自己的年迈的南燕主慕容备德，密谋败露，逃亡回国，被安置在军界任职。刘毅死后，刘裕让他补缺，出任荆州刺史。
司马休之的大儿子司马文思接替了司马尚的爵位，本应过一种养尊处优的生活。但是他生性残暴，在天子脚下胡作非为，根本不把朝廷纲常法纪放在眼里。每天受到他伤害的人在衙门外排着长队告他的状。官员受理后传唤司马文思，他一时性起带了几个人冲进衙门把管事的官吏也杀死了。
刘裕贫苦人出身，深知百姓的疾苦。一直对作威作福鱼肉乡里的人深恶痛绝。获悉此事，勃然大怒，就立刻派兵将行凶作恶者一网打尽，把司马文思的“谯敬王”爵位拿掉，废为庶人，还将他送到荆州，交给他父亲司马休之处理。
司马文思平日里，肆意草菅人命、践踏庄稼、冲击衙门、擅杀官吏触犯任何一条都是死罪。可是司马休之舐犊情深，自认皇族高人一等，视普通百姓如草芥，不深究儿子的罪恶行径，只是轻描淡写地上表，请求废除他儿子司马文思的爵位，并给刘裕写了一封简单的道歉信。
信上是这样说的：“刘太尉在上：获悉我儿骚扰乡民，不服管教，深感惭愧。只是错已经铸成，回天无力。为了平复民怨，特请许削去我儿爵位，废为庶人。或者把我的官职免掉都可以。司马休之将感激不尽。即日。”
司马休之漠视国法，不顾百姓死活，纵容包庇儿子的行为，令刘裕非常愤慨，他把司马休之的来信狠狠地仍在地上，说：“这事不能就这么算了！”
415年，刘裕勒令司马休之在建业的次子司马文宝与侄儿司马文祖自杀，随即率兵讨伐司马休之。
司马休之闻讯，上表弹劾刘裕：“陛下容禀：刘裕居功自傲，目无法纪，欺君罔上，无事生非，小题大做，无辜夺我儿和侄儿两条性命。这是对司马家族的挑衅，是对皇权的侮辱。忽闻孩儿死讯，我痛心疾首，痛不欲生，是可忍孰不可忍？！我岂是贪生怕死之辈，不与刘裕老儿拼个你死我活，誓不为人！”
司马休之不敢含糊，厉兵秣马准备迎敌，并派出使者前往后秦、北魏搬救兵。
与此同时，刘裕为了拉拢司马休之的治中韩延之，派人秘密给他送去一封劝降书，大意是说：“司马文思犯下的罪行，你大概也知道了。我这次奉命西征，目标只是司马氏父子而已。你们一干人等在他们手下做事，是人在江湖身不由己，司马父子所犯的罪和你们没有关系，非常期待你们能弃暗投明。我的大队人马就要到了，真打起来，刀枪无眼。我的意思你明白吧？你可以把我的意思告诉和你一伙的人。”
韩延之马上回信说：“你兴师动众带兵前来，可把我们吓坏了。见了你的来信，我感慨良多。在我看来司马休之忠心爱国，待人处事宽怀诚恳，他有什么错？因为你立过匡复朝廷的大功，大家都看你的脸色行事。司马文思即使犯了错，司马休之已经上表奏请撤销他的爵位，只求你留他一条命，这过份吗？这是人之常情啊！但是你却因此兴师问罪，背后到底什么险恶居心？诸葛长民是你的挚友，你先用甜言蜜语稳住他，然后杀死了他，真是太可耻了！我不会上你的当，最多不过一死而已！”刘裕没见过这么直白有性格的人，他把信拿给手下看，说：“看看司马休之的左右，黑白不分冥顽不化到了什么地步！司马休之背后有一种势力令人担忧。”
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