广州军政府虽然恢复了，实际上势力仅及广东一省。
这期间，孙中山的处境是很艰难的。在南北战争其间，列强驻中国的外交团曾和中国的南北政府订有协定，将各省关税余款百分之十三交付军政府。当孙此番再接收军政府后，外交团提出军政府权力只及广东一省，不能代表西南，停止这笔拨款。
军政府外交部长伍廷芳曾屡次向驻粤领事团提出抗议，最后一次声称如果不履行协定，军政府将接收海关以资报复。列强并不买帐，出动了大批炮舰驶白鹅潭示威。
看到北京方面有徐世昌这个总统，比广州政府在国际上各方面都叫得响，孙中山认为南方也必须成立一个名正言顺的政府。
前边提到过，很长时间了，孙中山就想有把广州的军政府正式化，正式之途径就是选举总统，改变四不像的总裁制。
只是，这个计划一开始就遭到西南各省的反对。理由是西南各省已树自治旗帜，“护法”二字已经不足以号召，何况旧国会议员在广东的，仅二百余人，也距离选举总统的法定人数甚远。
广东的实力派人士陈炯明，内心是倾向联省自治的，只是不便公开提出反对意见。而陈炯明部下叶举、洪兆麟等人则反应强烈，公开反对选举总统，甚至以军队不稳相要挟。
将桂系赶出广东后，孙中山极力主张乘胜追击夺取广西，把桂系从西南清除。选举总统不成孙中山退而求其次，打算在主席总裁的名义上加一个“大元帅”头衔，由他自己带兵去打广西。对此，陈炯明同样不赞成，他的意见是应首先巩固广东省自治，再徐图团结西南，共抗直系。
孙中山曾和陈炯明恳切密谈，劝陈认清环境，眼光放远，以一个人作比喻，如果心肝五脏都已溃烂，则四肢怎会完好？一个国家如果糜烂，广东一隅岂能保全？至于保境则需依赖军队，养兵以保境则财困民疲，所谓息民岂不是空谈。息民做不到更遑论建设？不能建设，广东一省如何进步？不能进步则是固步自封。所以今天大家应该把眼光放远。从大处着想，皮之不存，毛将焉附！
对于孙中山，陈炯明有他的看法，如他对唐继尧所说：“中山只是一个大炮”。有了这样的观念，孙纵有再多的金玉良言陈也很难听得进去。
孙中山对陈炯明不合作不听命的态度，非常忿怒，忍无可忍，打算削减其军权，或是免除其省长兼职，使其不能继续掌握财权（当时财权在财政厅，受省长管辖，财政总长则有职而无权）。或者解除其陆军总长兼职而以唐继尧继任，但汪兆铭等劝孙中山投鼠忌器，怕闹得下不了台反而撕破了脸。
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